La storia è ambientata in un immaginario Giappone medioevale del periodo Edo, in cui tre personaggi si distinguono: Fuu, una giovane cameriera che salva da un’esecuzione Mugen, un vagabondo esperto in combattimento, e l’enigmatico rônin (samurai senza padrone) Jin.
I tre partono alla ricerca di “un samurai che odora di girasoli”, e questo lungo viaggio attraverso il paese farà conoscere loro personaggi di ogni tipo.