Ellen Ripley (che si era suicidata alla fine del film precedente, poiché infettata da un alieno) viene clonata nel corso di un esperimento condotto sull’Auriga, una nave militare dei Sistemi Uniti. Lo scopo è quello di recuperare l’embrione di xenomorfo dal suo ventre per produrre degli Alien in larga scala a scopo bellico. L’esperimento riesce all’ottavo tentativo: la nuova Ripley a causa dei processi subiti non è però un semplice essere umano, mantiene i ricordi della sua vita passata, ma ha una sorta di legame empatico con gli Alien e possiede alcune loro caratteristiche, come una forza sovrumana e il sangue acido…