Fox William Mulder (David Duchovny) è un singolare agente dell'FBI: lavora in un settore chiamato appunto X-Files, un archivio dove vengono catalogati e raccolti tutti i casi ritenuti inspiegabili. Mulder deriva la sua ossessione dal traumatico rapimento della sorella, avvenuto a causa degli alieni, quando l'agente aveva l'età di 12 anni. Il poster appeso nell'oscuro ufficio di Mulder, divenuto uno dei simboli della serie, riporta la scritta "I Want to believe" - Io Voglio Credere. Mulder cerca infatti di dare spiegazioni e raggiungere la verità prestando fede a prove e testimonianze ritenute "impossibili" o prive di credito da parte dei suoi colleghi e della comunità accademica. All'inizio della serie gli viene affiancato un partner dai suoi superiori, Dana Katherine Scully (Gillian Anderson), medico e scienziata che utilizzando le sue competenze scientifiche avrebbe il compito di screditare le bizzarre tesi di Mulder. In realtà con il passare del tempo anche lei si troverà di fronte a fatti in grado di scuotere le sue certezze e la sua fede nella scienza ufficiale......

Serie 1

01 - Pilot - Al di là del tempo e dello spazio
02 - Deep Throat - Il prototipo
03 - Squeeze - Omicidi del terzo tipo
04 - Conduit - Ricomparsa
05 - The Jersey Devil - Il diavolo del Jersey
06 - Shadows - Come un' ombra
07 - Ghost In The Machine - Macchina mortale
08 - Ice - Morte tra i ghiacci
09 - Space - Sabotaggio alieno
10 - Fallen Angel - Caccia all' alieno
11 - Eve - Esperimenti genetici
12 - Fire - Bruciati vivi
13 - Beyond The Sea - Contatti
14 - Genderbender - Passione omicida
15 - Lazarus - Ritorno all' aldilà
16 - Young At Heart - Morte apparente
17 - E.B.E. - Ospiti interplanetari
18 - Miracle Man - Poteri miracolosi
19 - Shapes - Metamorfosi
20 - Darkness Falls - Morte nell' oscurità
21 - Tooms - Creatura diabolica
22 - Born Again - Reincarnazione
23 - Roland - Telepatia
24 - The Erlenmeyer Flask - Nuove creature

Serie 2

01 - Little Green Men - Uomini verdi
02 - The Host - L’ospite in corpo
03 - Blood - Fobie assassine
04 - Sleepless - Insonnia
05 - Duane Barry - Ostaggi
06 - Ascension - Lo scambio
07 - 3 - Giochi di sangue
08 - One Breath - L’ultimo respiro
09 - Firewalker - Dentro il vulcano
10 - Red Museum - DNA sconosciuto
11 - Excelsis Dei - Excelsius Dei
12 - Aubrey - Il gene del male
13 - Irresistible - Insospettabile
14 - Die Hand Die Verletzt - La pelle del diavolo
15 - Fresh Bones - Misteri Voodoo
16 - Colony - L’invasione dei cloni
17 - End Game - L’ultimo alieno
18 - Fearful Symmetry - Voli nella luce
19 - Dod Kalm - Calma irreale
20 - Humbug - Strane ferite
21 - The Calusari - Il gemello dannato
22 - F. Emasculata - L’insetto assassino
23 - Soft Light - Luci diffuse
24 - Our Town - La nostra città
25 - Anasazi - Il file da non aprire

Serie 3

01 - The Blessing Way - Il rituale
02 - Paper Clip - Operazione Paper Clip
03 - D.P.O. - Fulmini
04 - Clyde Bruckman's Final Repose - Previsioni
05 - The List - La lista
06 - 2Shy - Liposuzione
07 - The Walk - Fuori dal corpo
08 - Oubliette - Rapimenti
09 - Nisei - Autopsia di un alieno I
10 - 731 - Autopsia di un alieno II
11 - Revelations - Miracoli
12 - War of the Coprophages - Scarafaggi
13 - Syzygy - Congiunzione astrale
14 - Grotesque - Il volto del maligno
15 - Piper Maru - L'ufo degli Abissi I
16 - Apocrypha - L'ufo degli Abissi II
17 - Pusher - Il persuasore
18 - Teso Dos Bichos - L'urna maledetta
19 - Hell Money - Estrazioni macabre
20 - Jose Chung's From Outer Space - Dov'è la verità?
21 - Avatar - Visite in sogno
22 - Quagmire - Il mistero del lago
23 - Wetwired - Messaggi occulto
24 - Talitha Cumi - Il guaritore I

Serie 4

01 - Herrenvolk - Il guaritore II
02 - Unruhe - Inquietudine
03 - Home - La casa dei mostri
04 - Teliko - Spiriti albini
05 - The field where I died - Vite precedenti
06 - Sanguinarium - Sanguinarium
07 - Musings of a cigarette-Smoking Man - I segreti del fumatore
08 - Paper hearts - Cuori di stoffa
09 - Tunguska - Tunguska I
10 - Terma - Tunguska II
11 - El mundo gira - Enzima mortale
12 - Kaddish - Fango
13 - Never again - Il tatuaggio
14 - Leonard Betts - Rigenerazione
15 - Memento mori - Il male oscuro
16 - Unrequited - Ufficialmente morti
17 - Tempus fugit - Tempus fugit I
18 - Max - Tempus fugit II
19 - Synchrony - Viaggio nel tempo
20 - Small potatoes - Anomalie genetiche
21 - Zero sum - Somma zero
22 - Elegy - Visioni
23 - Demons - Demoni
24 - Gethsemane - Getsemani