Un meteorite si è schiantato sulla Terra portando con se delle creature misteriose e anche molto potenti le quali con un semplice tocco riuscivano ad uccidere ogni forma di vita lasciando il mondo in un completo deserto. È l'anno 2065 e una ragazza si ritrova in questo deserto, nella completa solitudine. Il suo nome è Aki e non riesce ad aprire gli occhi a causa della luce che colpisce il suo viso così cammina per qualche momento finchè un suono non la sveglia da quell'orribile sogno. L'unico modo di salvare gli uomini che rimanevano rinchiusi in città ricoperte di barriere abti-Phantom, era quello di trovare gli otto spiriti che popolano gaia e unirli per combattere gli alieni. Così, Aki Ross, con l'aiuto della squadra "Deep Eyes" comandata dal capitano Grey Edwards segue le ipotesi del "dottor Sid" e li cerca nel mondo. Tutte le loro speranze sono stravolte dal "generale Hein" il quale, stufo della situazione, crea un cannone per distruggere Gaia, la terra, e con esso gli alieni, senza sapere che sconfiggendolo anche la terra stessa cadrà. Così nel vano tentativo di ripristinare la vita normale, nelle varie perdite subite e nelle cattive circostanze che Aki vive, arriverà al compimento della sua fantasia.

Final Fantasy- The Spirits Within