La storia è incentrata sulla vita di Hideki Motosuwa, uno studente "ripetente" (in giapponese "ronin", a ricordare gli antichi samurai vagabondi e senza padrone) che sta tentando di entrare all'università. Un giorno inciampa su un persocon (un evoluzione del computer con forma umana) che sembra gettato fra i rifiuti; visto il suo desiderio (purtroppo fino a quel momento irrealizzabile) di possederne uno, decide di portarlo a casa sua ed accenderlo. Il computer non sembra saper parlare e nè avere un sistema operativo installato. L'unico suono che riesce ad emettere è "chii", così Hideki decide di chiamarla in questo modo. Hideki continua la sua vita, lavorando, studiando e cercando di insegnare sempre cose nuove al suo nuovo PC, che però sembra avere un passato misterioso alle spalle: vi sono infatti numerose persone che la cercano e una seconda Chii, identica a lei, che sembra comparire nei momenti in cui la personcon è in pericolo...